목   차

제1장 박테리아 분류학(Bacterial taxonomy) 1

제2장 원핵생물 종(Species)의 개념 10

    2.1. 원핵생물에 있어서 종의 개념과 정의 / 10

      2.2. DDH를 대체하는 방법들: ANI, Concatenated sequence / 19

    2.3. 16S rRNA 유전자(16S 리보조말 RNA 유전자; 16S rDNA) / 21

제3장 다상 분류학(Polyphasic taxonomy): 그 한계와 분류학의 미래 전망 27

      3.1. 다상 분류학이 당면한 문제들 / 31

      3.2. 원핵생물 종의 정의에 대한 재검토 / 34

      3.3. 유전체 원핵생물 분류학(Genomic prokaryotic taxonomy) / 35

제4장 신속(novel genus), 신과(novel family), 신목(novel order),
         신강(novel class), 신문(novel phylum)에 속하는 신종을 보고하기 41

      4.1. 공인된 발표 / 41

      4.2. 신종(新種)의 작명 / 45

      4.3. 신속(新屬)에 속하는 신종을 보고하기 / 48

      4.4. 신과(新科)에 속하는 신종을 보고하기 / 48

      4.5. 신목(新目)에 속하는 신종을 보고하기 / 49

      4.6. 신강(新綱)에 속하는 신종을 보고하기 / 50

      4.7. 신문(新門)에 속하는 신종을 보고하기 / 52

      4.8. 이전(Transfer), 부활된 이름(Revived name) / 53

      4.9. 재분류(Reclassification) / 56

      4.10. Candidatus 보고하기 / 57

제5장 흔히 사용되는 분석 기법들 62

      5.1. 16S rDNA 시퀀스 유사도: PCR과 키메라(chimera) 체크 / 65

      5.2. 계통수 작성 / 66

      5.3. DNA-DNA 혼성화(DNA-DNA hybridization, DDH) / 72

      5.4. DNA G+C 함량 / 74

      5.5. 생리 테스트 및 현미경 관찰 / 75

      5.6. 생화학적 테스트 / 78

      5.7. 화학분류학적 테스트(지방산, 극성 지질, 세포벽, 폴리아민 유형, 키논, 호파노이드), 표지 뉴클레오티드 / 81

제6장 흔히 분리되는 주요 분류군들의 특징들 87

      6.1. 프로티오박테리아(Proteobacteria) / 87

      6.2. Bacteroidetes 문 / 94

      6.3. 그램-양성 박테리아 / 97

      6.4. 호염성 아키아(Haloarchaea) / 101

제7장 박테리아 분류학의 응용 104

      7.1. 진단과 분류 / 104

      7.2. 단백질 시퀀스들 안의 분자적 표지(signatures)󰡈분자적 마아커의 개발 / 106

      7.3. 진화 / 107

      7.4. 개체군의 유전적 구조 / 108

      7.5. 박테리아 종분화(Bacterial speciation) / 109

제8장 신종 논문의 구조, 작성 및 투고 110

      8.1. 신종 논문의 구조 / 110

      8.2. 신종 논문 작성 / 111

참고 문헌 117

용어 번역 145

축약어 148

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